系统分类学起源于朝凤国探险家兼生物学家林尔斯的著作《动物演化》（也称《演化的方向》），林尔斯通过卓越的想象力从名为“世界树”的古龙图中发现了“动物会随着时间变化”的观点，并通过当时持续的古生物发现（如六肢飞鱼、毛祖等）得到了验证，最终成为了学界普遍认同的一套区别于旧形态分类学（种族分类）的全新分类体系。最早的系统发育树几乎和世界树一致，只是增加了从双头凤（神鹫）、上层奇鸟类和角兽类通往人的分支，而下层则保留着从飞鱼到蜥蜴到龙再到奇鸟与角兽的演化路线。而人们也就根据这些动物的外观，将其命名为“水生类”、“有鳞类”、“披羽类”和“被毛类”。

随着古生物学、动物解剖学等学科的发展，人们逐渐将无脊椎动物也纳入其中，并发现早期的演化路线存在一个巨大的疏漏：即在种族分类中常被视为同生活型（如同为狼兽的林狼和飞狼）、并且在世界树图中显示为可以相互演化（如林狼可以演化成飞狼）的物种，其实解剖结构差别非常大，它们的差别可以回溯到水生类时附肢对数的演化上，而相似的外形仅仅是趋同演化的结果，而非亲缘关系的证据。

介于此，学界对脊椎动物的系统发育树做了一次重大调整，即将“四足类”（两对附肢）和“六足类”（三对附肢）分割开来，之所以使用“足”而不是“肢”，则是为了和已经用“无足纲”、“多足纲”命名的无脊椎动物相呼应、也为了和“节肢目”相区分。而原先的分类体系，则被拆散分别装进了新的分类中，例如四足类中的水生类就被更名为了“四足水生类”，这也是为什么四足类和六足类的目级分类非常平行的历史原因。实际上，这两大类的演化路线其实并不是平行的，例如四足纲中披羽目和被毛目均为来自有鳞目的分支，而六足纲中只有披羽目来自有鳞目、而被毛目是披羽目的演化分支。因此也有学者提议将六足纲的披羽目和被毛目合并为“羽毛目”，但是没有得到广泛的支持。

值得一提的是，关于阶元的命名和范围，早期系统分类学还在发展时，学界是没有“单系群”的概念的，许多演化地位较近的物种都会被分在较近或同一个阶元之中，最典型的例子就是如今已被废除的“新龙亚目”，其原本包含了四足有鳞目中许多较为进化的过渡类群（如鳞鬃龙和喙龙），但进一步的研究发现鳞鬃龙起源于鳞长龙科、喙龙类则起源于立龙科，两者早在伏龙类就已经分家了，因此“新龙亚目”实质上成为了一个复系群。

但该阶元真正被取消还在学界发起“始祖物种运动”之后，该运动中，国际学界统一明确了所有高级阶元的始祖物种，诸如将四足被毛目的始祖物种规定为毛祖及其同属近亲、六足披羽目的始祖物种规定为始祖鹫，并规定系统分类阶元均需要按照单系群来分类物种。之所以会发起这项运动，是因为DL存在大量过渡类群和演化盲支，尤其是一些位于盲支的还是明星物种（如毛鬃龙类的雪龙），这就导致学界很难解释为什么同为被毛目动物（毛鬃龙类和原始被毛动物如角兽类一样都具有恒温、无鳞、被毛发达、棘刺较少等特征），金鬃龙和人的亲缘关系其实比人和有鳞类的龙蜥要远。因此为了更直观体现亲缘关系的远近、而不是演化地位的相似性，这些比“始祖物种”更原始的过渡物种、或分支在“始祖物种”之前的演化盲支，就全部都被从更进化的阶元中剔除、划分到了更原始的阶元中。而“新龙亚目”这种不再具有亲缘关系意义的复系群，自然也就被同步废除了。

规范命名法是北若兰国生物学家曾提出的一种物种命名规范，类似现实中的二名法，用种形容词+属名的方式构筑物种名称。这个方式可以很清楚地体现物种的鉴别特征（种词）与分类特征（属名），是一种高效又很有前景的命名方式。但是该方式最终并没有得到国际学界的认同，因为这会导致所有动物的名称都从单形容词+动物类型的方式（例如林狼）变成具有至少两个形容词的复合名词（例如林狼属于山狼属，就会变成森林山狼），而北若兰国的国语为表意语言，能够轻松消化复合名词，可是其他大部分国家的语言都是表音语言，这会导致强行翻译出来的种名变得极为臃肿。因此目前，动物的名称依然尊重原产地的命名，或是发现者的命名。

但作为历史强国的北若兰国自然也不会放弃这个很好的命名方式（或者说很早就已经开始践行这种方式），一些由他们的探险家发现、定种并命名的动物大多都是双复合名词的形式，例如最著名的“银角烈焰龙”（当地俗名红龙，但因为北若兰人先发表了定种因此学名依旧采用了这个很长的形式）。这种“添乱”的行为也导致很多其他国家的生物学家对象征着“自由散漫”的北若兰人颇有微词。

以下是DL动物物种的系统发育树，从最初的海崽开始，到这个世界上现生和曾经存在过的所有动物物种（还将随着物种更新持续扩展）。图中灰色为无脊椎动物，蓝色为水生类动物，红色为有鳞类动物，橙色为披羽类动物，绿色为被毛类动物。脊椎动物部分，颜色较浅的为六足类，颜色较深的为四足类。 系统发育树（图片版）

可以看到脊椎动物均由无脊椎动物中的一支（沙虫的远古亲属）演化而来，而脊椎动物中，四足类从六足类发展而来。脊椎动物的两大现存类群虽然因广泛的趋同演化而表现出类群间的相似性，但是各类群的发育过程实际上是不相同的：如四足类中被毛类和披羽类分别来自有鳞类中的不同先祖，而六足类则是披羽类起源于有鳞类、被毛类又起源于披羽类。

考虑到命名的简单和易读性，在分类时尽量只使用了七个阶元“界门纲目科属种”（有些增加个亚目，但实际上亚目有部分是为了方便分类而设立的并系群甚至复系群）。可是真正的系统分类是嵌套式的，涉及到动物的演化过程，会出现许多某纲在某属下、某目在某科下的情况。因此为避免理解困难，在展示时各分类阶元还是以平级展示。

所有分类阶元按照系统发生和演化关系重新嵌套排序后的状态 be like:

系统发育树（图片展示版） | 系统发育树（思维导图版）

按照平铺分类阶元的方式展示的所有动物分类图鉴： 系统分类表