古鱼战争的正式学术名称为“水生代末期六足纲-四足纲生存战争”，或“水生代末六足鱼类大灭绝”，具体指发生在水生代末期的非飞鱼类六足脊椎动物（主要为古鱼亚目）因不敌新兴的四足鱼类而导致的广泛而全面的灭绝事件。该事件近乎灭绝了95%以上的六足纲古鱼亚目物种，而剩下的部分也在之后的演化过程中逐步灭绝。就连幸存的飞鱼亚目动物，也在持续的环境变迁和生存竞争中最终全部灭绝。因此，古鱼战争及其后续影响可以说导致了整个六足纲水生目物种的全军覆没，从此六足纲几乎只有会飞的类群存活了下来。古鱼战争常和古龙战争一起并称为塑造了现代脊椎动物类群的两个最重大的灭绝事件。

六足纲起源于水生代中期，由原始的、体态似鱼的八足纲动物（主要为八条鱼的一支）通过减少一对附肢演化而来。八足动物的附肢往往两对一组分布在距离身体两端各三分之一的位置，这使得八足动物的身体常呈现出较为均匀的椭球型甚至球型。而六足类因变异退化掉了靠后分部的其中一对附肢，这使得其身体结构在肌肉作用下更容易演化成前端较宽圆而后端较细长扁平的梭子型。换句话说，相比那些更原始的八足纲动物，六足类的身体结构呈现出更加流线的鱼形，运动能力、扩散能力和适应性都相比八足纲更强，再加上脊椎动物相比无脊椎虫类更加进步的神经系统带来了更加敏锐的感知能力和魔法潜力，于是以极快的速度称霸了海洋游动掠食者的生态位，甚至将自己的先祖八足动物驱赶到了底栖固着生态位上，最终导致了其不敌具有甲壳或大量触手的固着型无脊椎动物而灭绝。

但六足鱼类的辉煌并没有持续太久：减少附肢的变异再一次发生了，这次消失的是两对前肢里靠后的一对（中肢），这便是最早的四足鱼类。早期四足鱼继承了来自六足鱼较为成熟的流线型身体结构和适于游行划水的肌肉构造，并且在此基础上减少了一对附肢的发育和运动带来的能量消耗，这使得四足鱼拥有了极大的竞争优势。对生物的能量利用和肌肉发育的研究表明，对于脊椎动物而言，两对附肢（即四足）能够在游泳或行走时在耗能最少的前提下达到较高的运动效率。换句话说，如果附肢少于两对，则动物肌肉发育和运动耗能较少、但运动能力受限严重；而如果附肢多于两对，则动物肌肉发育和运动耗能较多、但运动能力的增加带来的优势不足以弥补多出的耗能。该理论被称为“四足行走优势假说”，按照这个理论，在相同的生态位下，非四足动物和四足动物竞争会处于劣势，双足纲和八足纲在水生阶段的灭绝也佐证了这个观点。需要注意的是，这个假说是建立在不考虑尾巴作为运动推进器的前提下的，如果加上尾部的影响，那么对于水生鱼形动物来说，二足搭配强力的尾鳍将是最节省能量的方案。实际上，现代四足水生动物确实大多都演化成了退化后肢、进化出强力并多样尾鳍的模样。

化石证据表明，当最早的四足纲出现后（约莫为六足鱼鼎盛的时期），拥有更优化、更高效生理结构的四足鱼动摇了六足鱼的统治地位，并快速占据了许多原本由六足鱼占据的生态位。古生物学家发现在这个阶段灭绝了大量的六足鱼种类，四足鱼则逐渐繁盛起来。而这便是古鱼战争的起点。

飞鱼是六足鱼中的一支，鳍相比其他六足鱼极为宽大，其在水中的加速、转向等运动能力更强。这些异常宽大有力的鳍甚至可以让它们轻易冲出海面、在落水时更易调控运动轨迹、且在空气中保持平衡并提供少量升力——和它们的名字一样，这是一种具有短暂飞行能力的鱼。会飞带来的好处是显而易见的，它们的运动速度更快、能够更轻易地捕食和逃避敌害，空中的低阻力环境也能有效地降低飞鱼移动时的耗能，使其在移动能力和能量效率上更加接近甚至超越四足鱼，以此增加了在面对四足鱼时的竞争力。

但仅此而已并不能保障飞鱼在四足鱼称霸的海洋中保留一席之地，因为这种能量效率上的优势在四鳍鱼发展出歪尾型（鲨类）和正尾型（鱼类）后也逐渐消失了。让飞鱼这支六足类的独苗在这场大灭绝中幸存下来的核心优势，是其呼吸方式的演化。由于常暴露在空气中，飞鱼的鳃盖大多退化，鳃也演化成外鳃，并具有较强的气体交换能力，能够在飞行时从空气中获取氧气。随着水中的竞争和捕食压力愈发激烈，飞鱼不得不越来越多地通过飞行移动和躲避，其用于扇动飞行的肢体演化得愈发强壮、成为了肉鳍，其身体也越来越适应长时间的空气呼吸，并促成了原始肺部的演化。DL陆生脊椎动物的肺是由水生目体内用于控制浮力的鱼鳔类结构演化而来的，而飞鱼由于需要进行长时间的空中飞行，其鱼鳔格外发达、甚至被一层薄肌肉包裹以更好地控制其收缩和舒张幅度，这些都为空气呼吸提供了生理基础。

肉鳍和原始肺的出现都为飞鱼指明了一条远离四足鱼竞争压力的新生之路，即陆地。于是，当时机成熟时——具体的说，是四足鱼愈发繁盛，终于将大部分六足鱼都驱赶到浅海地带时——这些拥有强壮肉鳍的飞鱼们（肉鳍飞鱼科）登上了陆地，成为了最早登陆的脊椎动物。

六足鱼登陆时，地面上早已是植物和虫类的天下。作为最早一批陆地脊椎动物，更优秀的骨骼承重结构、更完善的消化系统和呼吸系统、更适应大体型的肌肉结构，使得六足鱼这个海中的竞争战败者到了陆地上反而成为了翘楚。新的环境和新的猎物让六足鱼迅速辐射演化，占据了多种多样的陆地动物生态位，食草的、食虫的、食果的六足鱼（此时该称呼为六足螈了）活跃在靠近水域的地区。此时陆地空气中的富氧环境使得这些动物能够快速适应陆地上的飞行运动，并也使得许多大型飞行六足纲动物的出现成为了可能。部分食果和食虫的六足螈仍保留着继承自飞鱼的短途飞行能力，甚至因为地面上庞大的植物群落和错落的垂直景观而演化出了更加完善的振翅飞行能力，中肢完全特化成翅膀而仅依靠前肢和后肢支撑身体和在地面行走；另一些主要食草的六足螈则已退化掉翅膀，成为了陆地动物。

对于那些没有继续向着飞行演化的六足螈来说，未来是一条通往绝望的死路。当登陆代中期，海中的四足鱼由于几乎占满了海中生态位、也逐步开始向陆地进军之时，曾经压在六足螈先祖头上的那座名为“四足行走优势假说”的大山又重新压回到了它们的身上。正如六足鱼登陆伊始脊椎动物面对虫类时展现出来的生存优势，此时四足鱼（四足蛙）对陆地六足螈也有着能量效率和移动速度上无可比拟的优点，于是历史再一次重演，新生的四足蛙很快侵占蚕食了陆生六足螈的生态位，并最终导致其尽数灭绝，只剩下依然保持飞行能力的六足螈凭借陆地的垂直落差躲过了这一劫难。随着四足蛙的扩散，在持续的生存压力下，幸存下来的六足螈也进一步向着天空演化，并出现了许多适应飞行生活的特化结构，如流线型的身体外观、轻盈而坚韧的气质骨骼、肌肉强劲的翅膀和较弱的四足等，终于在和四足类的竞争中站稳了脚跟。

直到今天，四足纲中的鸟类勉强在轻型、小型飞行动物中取得了一席之地，而那些更早向往蓝天的六足纲动物依然统治着更广袤的天空。学者认为在脊椎动物中，虽然四足行走更有优势、两对肢体足够分担抓握、支撑、借力等运动的功能分工；但对于飞行动物而言，仅有两对肢体显然不足够平衡飞行与陆地活动间的关系，而六足纲的飞行动物无论在落地支撑、争斗还是飞行中的运动、物资转移都比四足纲的飞行动物更便利和高效。同时由于六足飞行动物的特化，往往会将更多的发育资源分配到翅膀上，而前肢和后肢无论在肌肉量、灵活性上都偏弱，这也能弥补一部分三对肢体发育带来的能量损耗。于是，对六足类而言，在垂直分布明显的陆地上通过飞行活动获取、占据更多资源的优势终于能够和更多肢体带来更多资源消耗的劣势相平衡，和四足行走优势假说相对，该理论则被称为“六足飞行优势假说”，这大概也是六足纲在四足纲登陆后能通过飞行演化找到生命出路的最主要原因。

至此，古鱼战争以四足类的大规模胜利、六足纲水生目的广泛灭绝、及六足类的飞行特化宣告结束，并最终形成了现存绝大多数六足纲动物的保守特征：它们具有和四足纲相似的四肢用于支撑身体，背上还长着一对令人叹为观止的翅膀。

有趣的是，尽管六足类很早就开始了在飞行道路上的演化历程，但其后代仍有背离天空重新回归地面的物种，包括现生六足类中也有极少数退化掉翅膀的类群。这些动物大多通过其他手段保持着自己的竞争力（如富氧代中利用巨大体型称霸一方的多头龙科），或是生活在地理环境和外界相对隔离的区域（如地洲中不会飞的六足类）。其中，多头龙科由于巨大的体型在后续爆发的古龙战争中处于生存弱势而逐步走向衰落，体型较小的物种也因为失去了飞行能力难以抵御地面四足类的竞争，最终在富氧代末期不敌陆生的披羽类和被毛类物种大爆发而灭绝。地洲六足类则在相对封闭、隔离、且破碎化的地洲生态系统中演化成为了大体型的食矿穴居动物，甚至由于其具有三对肢体、能够用两对肢体攀爬、再用一对肢体捕猎或持物，能相比四足类更好地平衡稳定和功能的需求，成为了较为成功的穴居动物类群，从富氧代一直存活至今——这种演化现象也被称为“六足穴居优势假说”。

六足鱼和四足鱼的竞争历程让演化学家们颠覆了早期有关“生物进化”的认知。正如演化学早期著作《演化的方向》中的论调，早期学者们认为演化是有方向的，总是一个线性的、从弱到强的过程，水生类演化成有鳞类，那么有鳞类就是更强的一方。但更早出现、更原始的六足类在更进步的新生类群的竞争重压之下为继续存在下去进行的种种努力，让人们认识到演化没有目的地，它只是生命经历了无数次和环境、其他生物相互作用的尝试后形成的结果。这种“演化无方向，适应/生存即胜利”的思想，奠定了现代生物演化学的基石，也是这个学科之所以被称为“演化”而非“进化”的重要原因。